Nicht GC, Servette, Lausanne oder Basel - der erste Schweizer Fussballmeister des neuen Jahrtausends hiess überraschend FC St.Gallen. Der 1879 gegründete und damit älteste noch bestehende Fussballklub der Schweiz feierte nach 1904 den zweiten Meistertitel der Klubgeschichte.
An der NL-Versammlung vom 6. April 2001 übernahm Jean François Kurz (Lausanne-Sports) das Amt des NL-Präsidenten von Ralph Zloczower, der als Nachfolger von Marcel Mathier an die Spitze des Verbandes wechselte.
Das Spiel FC Sion gegen Servette Genf musste wegen eines Petardenwurfs Richtung Servette-Keeper Pédat unterbrochen werden. Die Disziplinarkommission entscheid, die Partie unter Ausschluss der Öffentlichkeit zu wiederholen – das erste Geisterspiel im Schweizer Fussball.
Am 6. Juni 2003 wurde in Bern als Nachfolge der bisherigen National-Liga die Swiss Football League mit den neuen Spielkategorien Super League (ehemals NLA) und Challenge League (bisher NLB) präsentiert. Die neuen Bezeichnungen waren verbunden mit dem neuen Modus (10/16), der Abstiegs-Barrage, einheitlichen Anspielzeiten, einer einheitlichen Markenstruktur und Axpo als Titelsponsor der Super League.
Am 16. Januar 2004 wurde Peter Stadelmann vom FC St. Gallen an der SFL-Versammlung zum Nachfolger des zurückgetretenen Präsidenten Jean François Kurz gewählt.
Das Projekt «Rechtsform der Klubs» hatte festgelegt, dass sich die Klubs in der Axpo Super League ab der Saison 2006/07 als Aktiengesellschaften organisieren mussten und keine Überschuldung mehr aufweisen durften. Erstmals wurden zudem 2006/07 ASL-Spiele im Pay-TV auf dem Kanal von Teleclub ausgestrahlt.
In der Saison 2006/07 stand der FC Zürich nach einem starken Herbst wieder an der Spitze der Super League. Als jedoch im Frühling der erste Verfolger FC Basel immer näher rückte, bedurfte es des «Falles Muntwiler», um die Basler auf Distanz zu halten.
Die Klubs der SFL wählten an der ausserordentlichen Generalversammlung vom 12. Juni 2009 Thomas Grimm (BSC Young Boys) zum neuen SFL-Präsidenten und Nachfolger des zurückgetretenen Peter Stadelmann.
